Die Forschungszulage kann ausschließlich durch Verrechnung mit der nächsten erstmaligen Einkommensteuer- oder Körperschaftsteuerveranlagung genutzt werden. Um sicherzustellen, dass diese Verrechnung zeitnah erfolgt, ist es ratsam, die Forschungszulage vor der Einkommensteuer- oder Körperschaftsteuerveranlagung zu beantragen. Sie haben die Möglichkeit, die Reihenfolge der Bearbeitung zu beeinflussen, indem Sie in Ihrer Einkommensteuer- oder Körperschaftsteuererklärung angeben, dass die Festsetzung der Einkommensteuer oder Körperschaftsteuer bis zur Festsetzung der Forschungszulage zurückgestellt werden soll. Dies erfordert einen separaten Antrag auf Forschungszulage beim Finanzamt.

In Ihrer Einkommensteuererklärung können Sie dies in der Anlage "Sonstiges" angeben, während Sie in Ihrer Körperschaftsteuererklärung die Anlage "WA – Weitere Angaben" nutzen sollten. Ohne diese entsprechende Angabe besteht die Gefahr, dass die Forschungszulage erst nach der Steuerveranlagung festgesetzt wird, was zu einer Verzögerung bei der Verrechnung der Forschungszulage mit der festgesetzten Steuer führen kann. Die Verrechnung kann dann erst im Rahmen der nächsten Steuerveranlagung erfolgen.